La coopération de l’Union européenne avec les partenaires à l’échelon régional ainsi que la coopération entre les partenaires eux-mêmes sont deux éléments essentiels.Cette coopération complète les programmes nationaux d’assistance, permet de s'attaquer aux défis présentant une dimension régionale et encourage la coopération entre partenaires sur des thèmes d’intérêt commun. 
 
La protection de l’environnement, la lutte contre la pollution maritime, la lutte contre le crime organisé et contre le terrorisme ainsi que le soutien à l’égalité entre les femmes et les hommes sont des questions transversales qui dépassent les frontières.Seule la coopération régionale peut permettre de relever de tels défis. 
 
Les domaines prioritaires pour la coopération régionale avec le Sud ont été définis par la Commission européenne dans son Document de stratégie régionale (2007-2013) et programme indicatif régional (2007-2013) pour le partenariat euro-méditerranéen.
 
Un montant d’environ 333 millions d’euros y a été affecté pour la période 2007-2010.
 
Les principaux domaines de coopération avec le Sud ont été définis dès le lancement du partenariat euro-méditerranéen et la déclaration de Barcelone ; ils couvrentle dialogue politique et le dialogue en matière de sécurité, le partenariat économique et financier, le partenariat social, culturel et humain.
 
Les projets sont financés par l’instrument européen de voisinage et de partenariat (IEVP), principal mécanisme financier pour l'assistance aux pays de la politique européenne de voisinage (PEV) ainsi qu’à la Russie.Cet instrument de coopération permet de traduire en actions concrètes les décisions prises au plan politique.
 
Les montants affectés à l’IEVP, dont la gestion est assurée par la DG EuropeAid, s’élèvent à près de 12 milliards d’euros pour la période allant de 2007 à 2013. Environ 90% des fonds IEVP seront utilisés pour des actions bilatérales. Il s’agit d’initiatives nationales ainsi que d’actions régionales impliquant au moins deux pays partenaires. Les 10% restants seront affectés à la coopération transfrontalière et à la facilité d’investissement pour le voisinage (FIV).